Es difícil de establecer en términos globales la incidencia moderna de anencefalia. En Estados Unidos las estimaciones son variablemente establecidas en una de cada mil embarazos o recién nacidos.
En el Ecuador, según datos del INEC, la tasa de mortalidad neonatal es de 4,6 por cada 1000 nacidos vivos en el 2020 y la anencefalia forma parte de la lista de causas de muertes neonatales.
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